1964年、中小航空会社3社(日東航空、富士航空、北日本航空)が合併してできた日本国内航空と東亜航空が、1971年にさらに合併してできた東亜国内航空を前身とし、国際線進出を機に日本エアシステムへ変更。2004年、日本航空との合併で国内線運航専従会社として日本航空ジャパンと社名を変更して現在に至る。
設立当初から有する国内ローカル線を基盤に現在は国内幹線、さらに中国方面への国際線へも進出、現在は国内幹線及び高需要ローカル線向けにボーイング777型機とエアバスA300シリーズといったワイドボディ機を、ローカル線向けにはジェット化の立役者となったDC−9直系のマクドネルダグラスMD−81、87、90型機シリーズのリアジェット機をそれぞれ保有しています。
日本航空との合併に伴う機材再編が課題で今後はA300B2/B4型機やMD−81型機のリタイアが進んでいくと思われます。